Por ahora no hay una solución sencilla para gestionar el dataspace de una base de datos en html5
El mecanismo más usado es insertar un registro en la tabla ‘Quota’ en el fichero principal de la base de datos de sqlite.
Esta es la ruta para un sistema microsoft, podéis encontrar en otro post las rutas para mac y linux

C:\Users\\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\databases\Databases.db
El valor de ‘quota’ es en bytes.